Связка Nginx+php-fpm
Максимально производительная связка. Идеально подходит, когда на сервере один большой проект, а не куча мелких сайтов.
Основной минус этой связки в том, что все правила, которые мы раньше вносили в файл .htaccess, теперь нужно прописывать в конфиг самого nginx. Так-то пофиг, внесли и забыли, но если у вас на сервере много сайтов (много cms еще и разных к тому же), то вносить правила в конфиг nginx для каждого сайта будет очень геморно!
В то время, как если бы стоял apache, то CMS-ка вносила бы правила в .htaccess через apache автоматически.
Связка Nginx + Apache (LAMP)
Связка с хорошей производительностью. Подходит, если на сервере много сайтов, много CMS.
Дело в том, что CMS постоянно работают с файлом .htaccess, то редиректы туда вносят, то еще какие-нибудь правила.
Поэтому, чтобы любая CMS могла спокойно записать правило в .htaccess, нужен Apache. Это ключевой момент, почему выбирают эту связку. Т.к. руками править конфиг nginx слишком муторно для каждого сайта.